木材加工廠乙座占地1000餘坪，主要提供本系學生實務操作實習場域，前段整備規劃為習作技能檢定區、竹木工藝區、鉋削加工區、鉋形作榫區、木材砂磨區、數位加工區、木結構檢測區以及家具結構檢測區等7個實習操作專區，計有精密木工操作機具50餘台，其中習作技能檢定區乃專為學生取得木工職類乙、丙級專業證照而設置，並取得認證合格檢測場所，其餘專區則又能提供學生參與校內外及國際競賽之設計或研發之實作場域，以讓學生提升專業表現力。後段整備有竹材加工操作區、木材乾燥區、塗裝操作區以及自動化加工與重型機械區等相關機具20種專業實習設備。
本中心係本校前身「國立屏東農業專科學校」時期，為因應當時木材工業界需求，以及配合本校當時「木材工業科」現有設備與師資，行政院農業委員會乃委託補助本校成立迄今，已近20餘年。其間歷經學校改制與組織變更，目前隸屬國立屏東科技大學研究發展處附設「木材加工技術服務中心」，依據本校『服務中心設置辦法』規範而設置的。目的乃為順應台灣木材加工業之需求，落實與產業之合作，以提供各項木材加工相關之技術服務與諮詢。目前也是財團法人台灣建築中心「木竹製品產業台灣製MIT微笑產品」品質驗證性能認可實驗室。
